प्रधानमन्त्री बालेन्द्र शाह ले राष्ट्रिय अनुसन्धान विभागलाई पुनः प्रधानमन्त्री तथा मन्त्रिपरिषद् कार्यालय मातहतमा ल्याएका छन्। नेपाल सरकार (कार्य विभाजन) नियमावली, २०८३ मार्फत १८ वटा मन्त्रालयको कार्यविभाजन गर्दै सरकारले उक्त विभागलाई प्रधानमन्त्री कार्यालय अन्तर्गत राख्ने निर्णय गरेको हो। यसअघि २०७६ सालमा तत्कालीन प्रधानमन्त्री केपी शर्मा ओली नेतृत्वको सरकारले राष्ट्रिय अनुसन्धान विभाग, राजस्व अनुसन्धान विभाग र सम्पत्ति शुद्धीकरण विभागलाई प्रधानमन्त्री कार्यालय मातहतमा ल्याएको थियो, जसलाई शक्तिको केन्द्रीकरणको प्रयास भन्दै व्यापक चर्चा भएको थियो।

यसअघि सुशीला कार्की नेतृत्वको सरकारले राष्ट्रिय अनुसन्धान विभागलाई गृह मन्त्रालय तथा राजस्व अनुसन्धान र सम्पत्ति शुद्धीकरण विभागलाई अर्थ मन्त्रालय मातहत राख्ने निर्णय गरेको थियो। हाल सरकारले राजस्व अनुसन्धान विभाग खारेज गर्ने प्रक्रिया पनि अघि बढाइसकेको बताइएको छ।